她1978年出席全国科技大会获全国科技大会奖;1979年获国家发明奖;1982年出席全国技术奖励大会,领取发明奖章和证书。双氢青蒿素成果1992年获中医药管理局科技进步一等奖;1992年度“全国十大科技成就奖”及1997年“新中国十大卫生成就”之一。屠呦呦个人1984年被国家第一批授予“中青年有突出贡献专家”,1990年第一批享受政府特殊津贴;1992年由中国中医研究院授予最高荣誉奖和终身研究员称号;1994年被中央国家机关授予“十杰妇女”称号;1995年出席全国劳动模范和先进工作者表彰大会,由国务院授予“全国先进工作者”称号,同年以“中国政府代表团”代表的身份出席“第四届世界妇女大会”并再次出席全国科学技术大会。2004年获泰国玛希顿皇家医学贡献奖(Prince Mahidol Award)。2011年拉斯克-狄贝基临床医学研究奖(Lasker DeBakey Clinical Medical Research Award)。